В документах коллекции есть поле contracts, которое хранит массив объектов, в объекте есть строковое поле signedDate с значениями такого вида "2016-09-23T18:02:00+02:02". Это поле проиндексировано. Запросы с count и $lt (аналогично $gt) используют индекс, stage COUNT_SCAN. Но запрос с одновременнно $gt и $lt использует индекс только с одной стороны, а другую фильтрует на FETCH стадии, из-за чего очень страдает скорость запроса (неприемлимо долго).

Почему индекс не использует одновременно две границы?

Была версия, что проблема в строке, её значение перенес в новое поле того же массива, в формате ISODate, создал индекс - но работает все точно так же. Отдельно отмечу, что не во всех документах есть массив contracts, хотя в большой части.